Preprints (not peer-reviewed)
(*corresponding author)
2024
hoxb genes determine the timing of cell ingression by regulating cell surface fluctuations during zebrafish gastrulation
Yuuta Moriyama*, Toshiyuki Mitsui and Carl-Philipp Heisenberg
bioRxiv, 2024, doi: https://doi.org/10.1101/2024.02.06.579056
Peer-reviewed articles
(*corresponding author, #equal contribution)
2023
Heterochronic development of pelvic fins in zebrafish: possible involvement of temporal regulation of pitx1 expression
Hilda Mardiana Pratiwi, Masahiro Hirasawa, Kohki Kato, Keijiro Munakata, Shogo Ueda, Yuuta Moriyama, Reiko Yu, Toru Kawanishi and Mikiko Tanaka*
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2023. 11.1170691. doi: 103389/fcell.2023.1170691
2020
Dynamic properties of heart fragments from different regions and their synchronization
Shin Arai, Kento Lloyd, Tomonori Takahashi, Kazuki Mammoto, Takashi Miyazawa, Kei Tamura, Tomoyuki Kaneko, Kentaro Ishida, Yuuta Moriyama and Toshiyuki Mitsui*
Bioengineering. 2020, 7(3), 81. doi: 10.3390/bioengineering7030081
2019
Localization of ß-catenin and Islet in the pelvic fin field in zebrafish
Yuuta Moriyama, Hilda Mardiana Pratiwi, Shogo Ueda and Mikiko Tanaka*
Zoological Science. 2019 36(5):365-371. doi: 10.2108/zs180185
Evolution of the avian digital pattern
Kenta Kawahara, Ingrid Rosenburg Cordeiro, Shogo Ueda, Guojun Sheng, Yuuta Moriyama, Chika Nishimori, Reiko Yu, Makoto Koizumi, Masataka Okabe and Mikiko Tanaka*
Scientific Reports. 2019 Jun 12;9(1):8560. doi: 10.1038/s41598-019-44913-w
Cux2 Refines the Forelimb Field by Controlling Expression of Raldh2 and Hox genes
Shogo Ueda, Ingrid Rosenburg Cordeiro, Yuuta Moriyama, Chika Nishimori, Kei-ichi Kai, Reiko Yu, Ryuichiro Nakato, Katsuhiko Shirahige and Mikiko Tanaka*
Biology Open. 2019: bio.040584 doi: 10.1242/bio.040584
Involvement of HGF/MET signaling in appendicular muscle development in cartilaginous fish
Eri Okamoto#, Yuuta Moriyama#, Shigehiro Kuraku, Kei-ichi Kai and Mikiko Tanaka* #These authors contributed equally to this work
Development, Growth and Differentiation. 2019 Jan;61(1):97-103. doi: 10.1111/dgd.12591
Cardiac septation in heart development and evolution
Katano Wataru#, Yuuta Moriyama#, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi* #These authors contributed equally to this work
Development, Growth and Differentiation. 2019 Jan;61(1): 114-123. doi: 10.1111/dgd. 12580
2018
Significance of whole-genome duplication on the emergence of evolutionary novelties
Yuuta Moriyama* and Kazuko Koshiba-Takeuchi
Briefings Functional Genomics. 2018 Sep 27;17(5) 329-338. doi:10.1093/bfgp/ely007
2016
Evolution of the fish heart by sub/neofunctionalization of an elastin gene
Yuuta Moriyama*, Fumihiro Ito, Hiroyuki Takeda, Tohru Yano, Masataka Okabe, Shigehiro Kuraku, Fred W. Keeley and Kazuko Koshiba-Takeuchi*
Nature Communications. 2016 Jan 19;7:10397. doi: 10.1038/ncomms10397
2013
Formation of the digestive tract in Ciona intestinalis includes two distinct morphogenic processes between its anterior and posterior parts.
Keiichi Nakazawa, Takumi Yamazawa, Yuuta Moriyama, Yosuke Ogura, Narudo Kawai, Yasunori Sasakura and Hidetoshi Saiga*
Developmental Dynamics. 2013 Oct;242(10) 1172-83. doi: 10.1002/dvdy.24009
Modular development of the teleost trunk along the dorsoventral axis and zic1/zic4 as selector genes in the dorsal module
Toru Kawanishi, Takuya Kaneko, Yuuta Moriyama, Masato Kinoshita, Hayato Yokoi, Tohru Suzuki, Atsuko Shimada and Hiroyuki Takeda*
Development. 2013 Apr;140(7) 1486-96. doi: 10.1242/dev.088567
2012
The medaka zic1/zic4 mutant provides molecular insights into teleost caudal fin evolution
Yuuta Moriyama, Toru Kawanishi, Ryohei Nakamura, Tatsuya Tsukahara, Kenta Sumiyama, Maximiliano L. Suster, Koichi Kawakami, Atsuhi Toyoda, Asao Fujiyama, Yuuri Yasuoka, Yusuke Nagao, Etsuko Sawatari, Atsushi Shimizu, Yuko Wakamatsu, Masahiko Hibi, Masanori Taira, Masataka Okabe, Kiyoshi Naruse, Hisashi Hashimoto, Atsuko Shimada and Hiroyuki Takeda*
Current Biology. 2012 Apr 10;22(7)
601-7. doi: 10.1016/j.cub.2012.01.063
Articles for Japanese journals or books
2024
生物のかたちがどのようにつくられるのか、その発生と進化に物理学から迫る
守山裕大
みらいぶっく（河合塾が運営する学問・大学選び支援サイト）
2023
DNAの泳動から評価するナノポア付近の物理的環境と有限要素法によるシミュレーション
Kent Lloyd, 守山裕大、三井敏之
生物工学会誌、2023年、101巻 8号 p. 414-417
2019
守山裕大
News SOKEN（青山学院大学総合研究所刊行物）、2019年、Vol. 19, 8-10
2016
elastin 遺伝子の重複と新規機能獲得による真骨魚類における心臓流出路の進化
守山裕大、小柴和子
実験医学、2016年、Vol. 34, No. 11, 1771-1774
2015
脊椎動物の心臓形態と冠動脈循環系における発生と進化(最新冠動脈疾患学 上)
守山裕大、小柴和子
日本臨牀、2015年、74, 4, 35-42
イカやタコは心臓を3つ持っている
守山裕大
理科好きな子に育つ ふしぎのお話365:見てみよう、やってみよう、さわってみよう、体験型読み聞かせブック
脊椎動物心臓の発生・再生と進化
伊藤航平、守山裕大、竹内純、小柴和子
生体の科学、2015年、66(3), 212-216
2014
シーラカンスと脊椎動物心臓進化(特集 シーラカンス研究最前線)
守山裕大、竹内純、小柴和子
遺伝:生物の科学、2014年、68(3), 233-237
心臓の進化と発生(特集 心臓造形生物学:Heartができるメカニズム)
守山裕大、小柴和子
細胞工学、2014年、33(11), 1157-1164
2013
脊椎動物の心臓進化:形態と機能の多様性はどのように生み出されたか(特集 形態進化のロジック を辿る:エボデボ研究最前線(動物編))
守山裕大、竹内純、小柴和子
遺伝:生物の科学、2013年、67(2), 197-208
Research Grants & Projects
さきがけ（JST）
研究題目：胚の幾何情報感知システムと時空間制御機構
研究代表者：守山裕大
研究期間：2021年10月 - 2025年3月
新学術領域研究（研究領域提案型）
研究題目：自己組織化過程における細胞の揺らぎと対称性の破れ（新学術領域 進化制約方向性）
研究代表者：守山裕大
研究期間：2020年4月 - 2022年3月
基盤研究（C）
研究題目：心臓進化に着目した前適応の分子メカニズムの解析
研究代表者：守山裕大
研究期間：2020年4月 - 2023年3月
成茂動物科学振興基金
研究題目：条鰭類における心臓流出路の進化発生学的研究
研究代表者：守山裕大
研究期間：2019年10月 - 2020年9月
基盤研究強化支援推進プロジェクト（青山学院大学）
研究題目：細胞外マトリックスElastin bの物性的性質に着目した平滑筋細胞誘導法の確立
研究代表者：守山裕大
研究期間：2019年4月 - 2020年3月
アーリーイーグル研究制度奨励金（青山学院大学）
研究題目：細胞外マトリックスに着目した心臓構成細胞の細胞運命決定メカニズムの解析
研究代表者：守山裕大
研究期間：2019年4月 - 2020年3月
日本学術振興会 海外特別研究員
研究題目：細胞の物性的性質に着目した原腸陥入様式の進化発生学的解析
受入先：Prof. Carl-Philipp Heisenberg (Institute of Science and Technology Austria)
研究代表者：守山裕大
研究期間：2016年5月 - 2018年4月
日本学術振興会 特別研究員PD
研究題目：軟体動物頭足類にみられる鰓心臓に着目した心臓の進化発生学的研究
受入先：小柴和子 講師（東京大学 分子細胞生物学研究所）
研究代表者：守山裕大
研究期間：2013年4月 -2016年3月
日本学術振興会 特別研究員DC2
研究題目：脊柱後端部における形態進化の分子メカニズム
受入先：武田洋幸 教授（東京大学大学院 理学系研究科）
研究代表者：守山裕大
研究期間：2010年4月 - 2012年3月
Invited talks
2022
細胞外環境の変化から読み解く真骨魚類流出路の発生と進化
守山裕大
2022年度 生理研心血管研究会 「比較統合生理学的観点からの循環生理の解析」シンポジウム「進化発生生物学で紐解く環境適応システムの変化」、長野、2022年10月
脊椎動物心臓の多様性をもたらした細胞外環境の変化
守山裕大
日本動物学会 第93回 早稲田大会シンポジウム 「脊椎動物の多様な形態をもたらす分子基盤」、東京、2022年9月
原腸形成を通して考える胚発生の時空間制御
守山裕大
第13回脳科学セミナー、神奈川、2022年7月
2021
原腸形成様式の進化可能性を考える
守山裕大
日本進化学会 第23回東京大会 シンポジウム「進化の方向性と形態進化のみらい」、オンライン、2021年8月
2019
生き物のからだはどのようにつくられるのか：発生生物学の紹介とその展望
守山裕大
青山学院大学 物理・数理学科コロキウム、神奈川、2019年6月
2018
Cell blebbing bridges time and space in zebrafish gastrulation
守山裕大
新学術領域研究「進化の制約と方向性」 第3回理論情報交換会 若手企画ワークショップ「発生拘束の理解 とその応用」、愛知、2018年12月
2016
How to generate evolutionary novelties: a lesson from fish heart evolution
Yuuta Moriyama, Carl-Philipp Heisenberg, Kazuko Koshiba-Takeuchi
第22回国際動物学会、第87回日本動物学会 共催大会、沖縄、2016年 11月
2015
進化的新規形質はどのように獲得されたのか、心臓の進化を例に考えてみよう
守山裕大
第3回生態進化発生コロキウム、東京、2015年12月
2014
elastin gene neofunctionalization and formation of teleost-specific heart component "bulbus arteriosus" in fish evolution and development
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
第16回日本進化学会、大阪、2014年8月
How to convert cardiomyocyte into smooth muscle; Lessons from fish evolution
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
第47回日本発生生物学会、愛知、2014年5月
2009
Analysis of the somite-specific enhancer of the zic genes in medaka: toward understanding of the evolution of the external morphology in vertebrates
Yuuta Moriyama, Toru Kawanishi, Atsuko Shimada, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda
第32回日本分子生物学会年会、神奈川、2009年12月
メダカ zic遺伝子の体節特異的エンハンサーの解析:脊椎動物における外部形態の進化の解明を目指 して
守山裕大
生化学若い研究者の会 関東支部支部会第4回 活躍する若手によるセミナー、千葉、2009年12月
メダカ zic遺伝子の体節特異的エンハンサーの解析:脊椎動物における外部形態の進化の解明を目指 して
守山裕大
日本動物学会 第80回大会 関連集会"EvoDevo青年の会"、静岡、2009年9月
Presentations on conferences
2024
hoxb genes determine the timing of cell ingression by regulating cell surface fluctuations during zebrafish gastrulation
Yuuta Moriyama, Toshiyuki Mitsui and Carl-Philipp Heisenberg
International symposium on mechanical control of biological self-organization、口頭発表、京都、2024年6月
hoxb genes interconnect the temporal and spatial pattern of cell behavior in the early embryo by controlling cell surface fluctuations
Yuuta Moriyama, Toshiyuki Mitsui and Carl-Philipp Heisenberg
第57回日本発生生物学会、口頭発表、京都、2024年6月
細胞外環境の硬さから紐解く脊椎動物心臓の発生と進化
松木翔、渡辺隆太、三井敏之、守山裕大
第76回日本動物学会関東支部大会、ポスター発表、東京、2024年3月
2023
hoxb genes determine the timing of cell internalization by regulating cell surface fluctuations during zebrafish gastrulation
Yuuta Moriyama, Toshiyuki Mitsui and Carl-Philipp Heisenberg
第56回日本発生生物学会、口頭発表、仙台、2023年7月
2019
Cell blebbing bridges time and space in zebrafish gastrulation
Yuuta Moriyama and Carl-Philipp Heisenberg
日本発生生物学会 第52回大会、口頭発表、大阪、2019年5月
2018
Involvement of HGF/MET signaling in appendicular muscle development in cartilaginous fish
Yuuta Moriyama, Eri Okamoto, Shigehiro Kuraku, Kei-ichi Kai and Mikiko Tanaka
新学術領域研究「進化の制約と方向性」 第3回理論情報交換会、ポスター発表、愛知、2018年12月
2015
Evolution of the fish heart by sub/neofunctionalization of an elastin gene
Yuuta Moriyama and Kazuko Koshiba-Takeuchi
EMBO conference 2015、口頭発表、フランス パリ、2015年 9月
Evolution of the fish heart by sub/neo-functionalization of an elastin gene
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
Pan-American Society for Evolutionary Developmental Biology 2015、ポスター発表、アメリカ カリフォ ルニア、2015年7月
Neofunctionalization of elastin gene demarcates teleost heart outflow tract by regulating cell fate determination via YAP
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi 第48回日本発生生物学会、ポスター発表、茨城、2015年6月
Teleost-specific ECM "Elastin2" demarcates teleost heart OFT by switching cell fate determination via YAP
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
Weinstein Cardiovascular Conference 2015、ポスター発表、アメリカ ボストン、2015年5月
2014
心筋か平滑筋か ~真骨魚類の進化から明らかとなった新規細胞運命決定メカニズム~ 守山裕大、竹内純、小柴和子
第13回心臓血管発生研究会、口頭発表、福島、2014年10月
elastin gene sub/neo-functionalization and formation of teleost-specific outflow tract, "bulbus arteriosus", in fish evolution and development
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
Biannual Meeting of European society for Evolutionary Developmental Biology 2014、口頭発表、オーストリア ウィーン、2014年7月
心筋か平滑筋か: 魚の進化から明らかとなった新規細胞運命決定メカニズム
守山裕大
東京大学分子細胞生物学研究所 第2回研究交流会、ポスター発表、東京、2014年7月
How to convert cardiomyocyte into smooth muscle; Lesson from fish evolution
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
Weinstein Cardiovascular Conference 2014、ポスター発表、スペイン マドリード、2014年5月
2013
真骨魚類の心臓にみられる進化的新規形質"動脈球"の発生と進化
守山裕大、小柴和子
第1回生態進化発生コロキウム、口頭発表、東京、2013年12月
elastin gene sub/neo-functionalization and formation of teleost-specific outflow tract, "bulbus arteriosus", in fish development and evolution
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
第36回日本分子生物学会、ポスター発表、兵庫、2013年12月
elastin gene sub/neo-functionalization and formation of teleost-specific outflow tract, "bulbus arteriosus", in fish development and evolution
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
第19回小型魚類研究会、口頭発表、宮城、2013年9月
軟体動物頭足類にみられる進化的新規形質"鰓心臓"に関する進化発生学的研究
守山裕大、竹内純、小柴和子
第84回日本動物学会、口頭発表、岡山、2013年9月
Elastin gene subfunctionalization and formation of teleost-specific outflow tract, "bulbus arteriosus", in fish evolution and development
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
第46回日本発生生物学会、口頭発表、島根、2013年5月
Vertebrates Heart Evo-Devo; Ventricular Septation of Heart is Established by a Steep and Correctly Positioned Tbx5 Gradient
Yuuta Moriyama, Jun K Takeuchi and Kazuko Koshiba-Takeuchi
CDB Symposium 2013, The Making of a Vertebrate、ポスター発表、兵庫、2013年3月
2012
The medaka zic1/zic4 mutant provides molecular insight into teleost caudal fin evolution
Yuuta Moriyama and Hiroyuki Takeda
Biannual Meeting of European society for Evolutionary Developmental Biology 2012、口頭発表、ポルト ガル、リスボン、2012年7月
2011
メダカ変異体Double anal finを用いた真骨魚類尾部骨格に関する進化発生学的研究
守山裕大、河西通、中村遼平、成瀬清、島田敦子、武田洋幸
東京大学クローバルCOEリトリート 2011、ポスター発表、神奈川、2011年11月
zic1/zic4は真骨魚類における正型尾形成に必須である
守山裕大、河西通、中村遼平、成瀬清、島田敦子、武田洋幸
日本動物学会 第82回大会、ポスター発表、北海道、2011年9月
2010
脊椎動物における尾部骨格の形態進化
守山裕大
日本発生生物学会 夏季シンポジウム2010、口頭発表、東京、2010年8月
The zic genes as master regulators in dorsoventral patterning of the fish trunk structures
Yuuta Moriyama, Ryohei Nakamura, Toru Kawanishi, Atsuko Shimada and Hiroyuki Takeda
2nd Joing Meeting of the French and Japanese Societies for Developmental Biology、口頭発表、フランス、パリ、2010年5月
Analysis of the somite-specific enhancer of the Zic genes in medaka: Toward understanding of the evolution of the external morphology in vertebrates
Yuuta Moriyama, Rhohei Nakamura, Toru Kawanishi, Atsuko Shimada and Hiroyuki Takeda
CDB symposium 2010 Frontiers in Organogenesis、ポスター発表、兵庫、2010年3月
2009
Analysis of the somite-specific enhancer of the zic genes in medaka: toward understanding of the evolution of the external morphology in vertebrates
Yuuta Moriyama, Atsuko Shimada, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda
東京大学クローバルCOE第3回リトリート、口頭発表、神奈川、2009年10月
Analysis of the somite-specific enhancer of the zic genes in medaka: toward understanding of the evolution of the external morphology in vertebrates
Yuuta Moriyama, Atsuko Shimada, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda 日本発生生物学会 第42回大会、口頭発表、新潟、2009年5月
Analysis of the somite-specific enhancer of the zic genes in medaka: Toward understanding of the evolution of the morphology in teleosts
Yuuta Moriyama, Atsuko Shimada, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda
東京大学クローバルCOE第2回リトリート、ポスター発表、山梨、2009年3月
2008
Analysis of the somite-specific enhancer of the zic genes in medaka: Toward understanding of the evolution of the morphology in teleosts
Yuuta Moriyama, Atsuko Shimada, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda
東京大学クローバルCOE第1回リトリート、口頭発表、神奈川、2008年10月
Analysis of the medaka spontaneous mutant Double anal fin defected in an activity of a somite- specific enhancer of zic1 and zic4
Yuuta Moriyama, Toru Kawanishi, Atsuko Shimada, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda
The 16th CDB Meeting Cis-sequence regulation and its evolution、口頭発表、兵庫、2008年9月
Characterization and transgenic rescue of the medaka spontaneous mutant Double anal fin
Yuuta Moriyama, Atsuko Shimada, Shen Xueyan, Kiyoshi Naruse and Hiroyuki Takeda
日本発生生物学会 第41回大会、ポスター発表、徳島、2008年5月
2007
メダカ自然突然変異体Daの原因候補遺伝子zic1, 4の組織特異的調節領域の同定
守山裕大、島田敦子、武田洋幸
日本動物学会 第78回大会、ポスター発表、青森、2007年9月
カタユウレイボヤの消化管形成と遺伝子発現
守山裕大、生田哲郎、小笠原道生、西駕秀俊
日本動物学会関東支部会 第59回大会、ポスター発表、東京、2007年3月